Seti סבלה מבעיות רבות בדרכה. בתחילה שמשו את הפרוייקט 3 מחשבי סאן מרכזיים: שרת אינטרנט, שרת מחסן נתונים ושרת לניהול המידע המבוזר הנכנס. כבר בתחילה קרס שרת האינטנט, כאשר זרם של משתמשים החל פוקד אותו ומנסה להוריד ממנו את אפליקציית ניתוח הנתונים. הצוות גילה כי האפליקציה כבדה מדי ושיפר אותה. הצוות גילה כי לשם כינון הפרוייקט חייבים להשיג מחשבים חזקים יותר. כאן באו חברת סאן ואוניברסיטת קליפורניה לעזרה. באמצעות תרומות פרטיות שנאספו ומחשבים חדשים שנתרמו על ידי סאן, הצליח הצוות לגבש מעבדת מחקר עם 3 אנשי צוות במשרה מליאה וציוד מחשוב משוכלל ומתקדם.

בעיה אקוטית נוספת הייתה במשתמשים עצמם. קוד האפליקציה נכתב בשפת C++ וניתן לפריצה בקלות. משתמשים רבים ניתחו את הקוד והבינו כי הוא מדמה  ניתוח של תוכן המידע. בניסיון לשפר את זמן ריצת הקוד, החלו מתכנתים עצמאיים לשנות את הקוד, כך שישתמש בפונקציות ניתוח מובנות מראש במעבדים החדשים שפקדו את השוק כגון AMD לסוגיו. חלקם עשו זאת באופן שגוי ועל כן הפיקו תוצאות שגויות ו"הדביקו" חלק מהמשתמשים האחרים בגרסאות שגויות.

מתכנתים אחרים "הגדילו" לעשות והחלו להפיק דיווחים כוזבים, כאילו אות חזק במיוחד נמצא על ידם.

בעיות אלו האיצו במתכנני הפרוייקט ליצור גרסאות מוצפנות של האפליקציה, דבר שעורר ביקורת רבה בקרב המשתמשים עד כדי קריאה להחרמת הפרוייקט. הביקורת טענה כי על Seti להיות תכנה חופשית לפיתוח על ידי ההמון על פי מדיניות הקוד החופשי . כמובן שצוות הפיתוח התנגד נחרצות היות והפקדת התכנה בידי אנשים שאינם מיומנים ברזי Seti , עלולה להרוס את הפרוייקט ביוצרה מיצג נתונים לא אמין.