מקובל לערוך מסמכים/סרטים של פלאש במבנה של שכבות . רעיון השכבות מקביל לערימה של שקפים כאשר ניתן להביט על כל שקף בנפרד או על כל השקפים אחד על גבי השני . העריכה מתבצעת לכל שקף בנפרד מבלי לפגוע בשקפים האחרים . בפלאש השכבות מקבלות משמעות רחבה יותר כי שכבה לא בהכרח תייצג שקף עם ציורים אלא ניתן גם להגדיר שכבה לפסקול , סרט וכו' .
יצירת שכבה - נסמן בתיבת ציר הזמן (Timeline) את השכבה שמעליה נרצה להכניס שכבה חדשה , ונבחר באופציה Layer מתוך תפריט Insert . לחילופין ניתן לבחור את הלחצן הכנס שכבה (Insert Layer) מתחתית תיבת ציר הזמן .

עריכת שכבה - כפעולה ראשונה ניתן לשכבה שם המתאים לתפקידה . בעזרת לחיצה כפולה על שם השכבה ניתן לשנותו. ניתן לשנות את סדר השכבות ע"י גרירה של שכבה למקום הרצוי . ניתן לחלק את השכבות לתיקיות לארגון נוח יותר . יצירת תיקיה תבוצע ע"י בחירת אפשרות (Layer Folder) מתוך תפריט (Insert) (גם לפעולה זו קיים לחצן מיוחד בתחתית תיבת ציר הזמן) כעת ניתן לתת שם לתיקיה באותו אופן שנתנו שם לשכבה ולגרור את השכבות הרצויות לתוכה . בכל רגע נתון ניתן לערוך רק שכבה אחת . שכבה זו תסומן ע"י ציור של עפרון ליד שם השכבה . על מנת לערוך שכבה אחרת נבחר אותה בעזרת החץ השחור.
ברשימת השכבות ניתן לערוך עבור כל שכבה את האפשרויות הבאות :

• "עין" : עגול שחור בעמודה זו פירושו השכבה נראית לעין ואילו איקס אדום פירושו השכבה אינה נראית לעין .
  
• "מנעול" : עיגול שחור בעמודה זו פירושו השכבה ניתנת לעריכה ואילו מנעול בעמודה זו פירושו השכבה נעולה מפני עריכה .
  
• "מסגרת" : מסגרת בעמודה זו פירושה הצג את קווי הגבול של הצורות בשכבה זו בלבד (לפי צבע המסגרת), ואילו ריבוע מלא פירושו תצוגה רגילה .
  

מחיקת שכבה - ניתן למחוק שכבות ע"י בחירתן ולחיצה על פח הזבל (Delete Layer) שבתחתית תיבת ציר הזמן .
שכבת מיסוך - שכבת המיסוך משמשת כמסך המכסה את השכבה שמתחתיה , במסך זה ניצור מספר חלונות כרצוננו בצורות וגדלים שונים , קבועים או ניידים שדרכם ניתן לראות את השכבה או השכבות הממוסכות.

יצירת שכבת מיסוך - נבחר את השכבה אותה אנו רוצים למסך ונכניס מעליה שכבה חדשה . השכבה החדשה תהיה השכבה הממסכת , ניתן לה שם חדש בהתאם . בשכבה זו נצייר צורות מלאות אשר יהוו את החלונות שדרכם נביט על השכבה שמתחת . כעת נוודא ששכבת המיסוך מסומנת ברשימת השכבות , נלחץ על הכפתור הימני בעכבר ונבחר באפשרות Mask . אם ברצוננו למסך מספר שכבות ניצור את שכבת המיסוך ולאחר מכן נגרור את השכבות הנוספות שברצוננו למסך מתחת לשכבת המיסוך .