הכלי מחק, כמובן, מוחק. אך יש לו כמה תכונות אינדיבידואליות שעליך להיות מודע אליהן.

הכלי מחק עובד בצורה הטובה ביותר על שכבות, אם תנסה למחוק תמונה הכוללת רק שכבה אחת עם רקע אחיד ולא שקוף, הוא ימחק את התמונה יחד עם הטעות להשאיר עקבות של אותו הצבע שבחרת כצבע הרקע שלך מפלטת הצבעים. הכלי מחק ימחק משכבה שאינה שקופה אך לא ימחק את שכבת הרקע אלא אם כן השכבה הזו שקופה (Transparent).

שים לב בדוגמא, שבזמן עבודה עם שכבה 2, רק החלק של התמונה שהיה באמת על השכבה הזו נמחק (החלק של המלבן הכחול והצל שלו). בשכבות מתחתיו לא נגעו. בעת עבודה עם שכבה 1 רק החלקים של המלבן האדום והצל שלו נמחקו. כשבשכבת הרקע נמחק צבע הרקע של התמונה הוא הוחלף בצבע הרקע של פלטת הצבעים. (זה בגלל ששכבת הרקע הייתה לא שקופה). הפעולה הזו לא נגעה בשכבות מעל הרקע.

אופציות המברשת הרגילות זמינות עם הכלי מחק. הדוגמא משמאל מראה מבחר קטן של קביעות אטימות ומרקמי נייר המיושמים עם הכלי מחק.