המערכת הראשונה שהייתה מבוססת הייפרטקסט פותחה בשנת 1967 על-ידי קבוצת חוקרים בראשות אנדרי ון-דאם באוניברסיטת בראון בארה"ב. חברת IBM מימנה את המחקר, והמימוש הראשון של הייפרטקסט היה "Hypertext Editing System" ורץ על מחשבים מרכזיים של חברת IBM. לאחר מכן רעיון ההייפרטקסט מומש במערכות נוספות, אולם היישום המרכזי שנותן ביטוי נרחב לרעיון ההייפרטקסט הינו
ה-World Wide Web.
בשנת 1989, טים ברנרס-לי (Tim Berners-Lee), טכנולוג מידע אנגלי ב-"CERN" בז'נבה שבשווייץ הציע מערכת הייפרטקסט חדשה. הצעתו הייתה בתגובה לדאגות בנוגע לטיפול במידע רב בנושא כרטיסי מאיצים גרפיים וניסויים נוספים ב-"CERN". טים ברנרס-לי הציע מערכת הייפרטקסט גמישה, שמבוססת על ארכיטקטורת שרת-לקוח (Client-Server Architecture). מטרת מערכת זו היא לאפשר למפתחי תוכן ולמשתמשי תוכן להשתמש בסוגים שונים של מחשבים ולהימצא באיזורים גיאוגרפיים ו/או איזורים מחלקתיים שונים, ולחלוק, לפרסם, להפיץ מידע ולהפיק ממנו תועלת בשיתוף-פעולה, בתזמון נכון, ובאופן יעיל.
התכונות המוזכרות לעיל התאפשרו על-ידי פרסום המסמכים באינטרנט וממומשות על-פני האינטרנט, על-פני מה שברנרס-לי ושותפו לעבודה רוברט קייליאו כינו "World Wide Web". המערכת מאפשרת למשתמשים לדלג בין מסמכים שונים שנמצאים על מחשבים שונים, הודות לשימוש בהייפרטקסט. כל הרעיונות המוזכרים לעיל נהגו על-ידי טים ברנרס-לי בתוכנית שנקראה "Enquire Within" שאיפשרה למשתמש לאחסן מידע תוך שימוש באסוציאציות אקראיות.
לקראת סוף שנת 1990, טים ברנרס-לי כתב את התוכנה הראשונה עבור שרת World Wide Web, ועבור הלקוח הראשון של תמליל הייפרטקסט, שהיה בעל התכונה "הדפסתו-כראייתו" - What You See Is What You Get) WYSIWYG). תוכנה זו התקבלה בהיקף נרחב בכל "CERN". בשנת 1991 פורסם באינטרנט קוד המקור של התוכנה.