מערכת השן הכחולה מיועדת לשימוש כממשק אחיד לכל מקורות המידע של המשתמש.  אבטחת המידע מהווה נושא חשוב היות והמערכת לעיתים מעבירה  מידע  רגיש ואישי.           לשן הכחולה רמות אבטחה שונות אשר יכולות להיות מוגדרות הן להתקנים והן לשירותים,  מסיסמאות פשוטות עד לתוכנות הצפנה מתוחכמות. לכל התקן  כתובת ייחודית לו כך שמידע לא ישלח ליעד לא נכון, בנוסף אותות השן הכחולה משתנים בתדירות של 1,600 פעם בשניה . התקני השן הכחולה משתמשים בצירוף הPIN-   PERSONAL IDENTIFICATION NUMBER מספר אישי מזהה, אשר ידוע למשתמש או מאוחסן באפליקציה של המשתמש, עם כתובת ההתקן על מנת  להתקשר עם התקן שן כחולה אחר.  השן הכחולה משתמשת ב אוטורציה  ואוטנטיקציה  כדי לדעת את זהות המשתמש זהות ההתקנים וזכויותיהם.        

אוטנטיקציה (אימות): זהו תהליך זיהוי  'מי' נמצא בקצה השני של הקשר. אוטנטיקציה מתבצעת להתקנים ע"י שגרות אימות. 

אוטורציה (אישור): תהליך זה מחליט האם התקן X רשאי להיות בעל גישה לשירותY   . 

האימות מתבצע בשכבת הקשר.  ניתן להעלות את רמת האבטחה של המידע כך שהאפליקציה עצמה תצפין את נתוניה אך היות וקשה להשיג אחידות בצעד זה בשכבת האפליקציה האימות מושתת על שגרות בשכבת הקשר. בשכבת הקשר כל יצירת קשר בין שני התקני השן הכחולה נותן מפתח אוטנטיקציה,  אימות, ייחודי וסודי ומפתח הצפנה אשר למעשה מיוצר מהמפתח הראשון.  התקני השן הכחולה מקבלים סטטוס כאשר הם מתחברים בפעם הראשונה להתקן אחר.