הכלי מחליף הצבע מחליף צבע אחד לצבע אחר. לפני שאתה משתמש בכלי מחליף הצבע עליך קודם לבחור את הצבעים אותם אתה רוצה להחליף. השתמש בכלי טפטפת העין כדי לבחור את הצבעים מהתמונה ומקם אותם כצבעים פעילים בפלטת הצבעים שלך. לחיצה על כפתור העכבר העיקרי שלך בזמן שאתה גורר את הסמן דרך התמונה תחליף את צבע הרקע לצבע הקדמה.  לחיצה על כפתור העכבר המשני תחליף את צבע הקדמה עם צבע הרקע. אם אתה רוצה להחליף צבעים בתוך שטח מסוים, בחר אותו לפני השימוש בכלי מחליף הצבע. כך תשפיע רק על הצבעים שבתוך הבחירה.

הקש על כפתור 'מחליף הצבע' על פלטת הכלים. אם תיבות הבקרה הופעלו, לחיצה על מקש ה- "O" על המקלדתתפתח את תיבת בקרת של כלי מחליף הצבע (Color Replacer Tools Control box). כל האופציות הרגילות הזמינות עם הכלי צבע זמינות גם עם הכלי מחליף הצבע. אתה יכול לבחור את צורת המברשת וגודלה, לקבוע דרגות אטימות ולמנות מרקם נייר. קביעות סובלנות (Tolerance) נמוכות יותר יביאו לידי כך שפחות שטח ישתנה, ואילו קביעות גבוהות יותר יגרמו ליותר שטח להשתנות.

כמו עם כל כלי הצבע, אתה יכול גם לצייר קו עם הכלי מחליף הצבע. מקם את הסמן במקום בו אתה רוצה להתחיל את הקו, והקש פעם אחת על העכבר. לחץ והחזק את מקש ה- Shift. מקם את הסמן במקום בו אתה רוצה לסיים את הקו והקש על העכבר פעם אחת. בין שתי הנקודות יופיע קו. בשלב זה אתה יכול להמשיך לצייר קווים בכל כיוון שתרצה ע"י הקשה על מקש ה- Shift שוב, הזזת הסמן והקשה על העכבר.